제약 바이오 산업이 새로운 신성장동력으로 주목 받는 가운데 국내 제약업체들의 신약개발에 따른 조세감면 혜택이 턱없이 낮은 것으로 나타났다.
이 때문에 제약사들이 신약개발에 선뜻 나서지 못하는 한 원인이 되고 있는 등 관련 조세제도 개편을 서둘러야 한다는 지적이 제기되고 있다.
16일 제약협회에 따르면 정부가 국회에 제출한 ‘2016년도 조세지출 예산서’를 살펴보면 올해 연구개발 관련 조세감면액 추정액은 3조228억원으로 전체 조세지출 예산(35조3천325억원)의 9.5%를 차지했다.
이 가운데 제약업계가 받을 것으로 예상되는 연구개발에 대한 조세감면액은 150~200억원 정도에 불과할 것으로 추정된다. 전체 조세감면액 가운데 ‘의약품 품질관리 개선시설투자’에 대한 액수가 140억원으로 예상되며 이 부분에 대한 세액공제가 대부분을 차지한다.
신약개발을 하는데 평균 10년 이상, 1조원 이상의 시간과 비용이 들고, 실패할 확률이 상당히 높다는 점을 감안하면 제약업체가 신약개발 분야에 대규모 투자를 하는 것은 쉽지 않다.
더욱이 개발 과정에 투입되는 대규모 비용에 대한 조세감면도 제대로 받지 못하는 실정인 탓에 제약사들이 적극적인 신약개발에 나서지 못하는 주 요인이 되고 있다는 것이다. 이런 상황들을 감안하면, 보다 적극적으로 신약개발을 유도하기 위해서는 현행 조세감면 정책을 전면 재검토해야 한다는 지적이 나온다.
산술적으로 볼때 신약개발을 하는데 10년간 1조를 퍼부어도 세액공제 등으로 받는 혜택은 1500억원에 불과한 셈이다.
법무법인 율촌 이경근 조세자문부문장은 제약협회 정책보고서에서 “현행 조세감면 정책이 신약개발의 속도를 늦추고 있다”고 지적했다.
현재 우리나라는 총액기준 조세감면보다 증가분기준 조세감면에 중점을 두는 조세정책을 택하고 있다.
연구개발에 투자한 총액을 세액공제해 주는 것이 아닌 연구개발 지출을 늘린 부분만 세액공제 대상으로 하고 있는 것이다. 2007년에는 대기업에 대해서는 총액방식에 의한 조세감면을 아예 배제한 적도 있다.
이 부문장은 “증가분 기준으로 조세감면을 하게되면 기업의 연구개발이 왜곡될 수 있다”며 “기업이 연구개발 투자 지출 계획을 세울때 고액의 투자가 한꺼번에 이뤄져야 효율적임에도 조세감면을 극대화하기 위해 투자를 점진적으로 늘려나가게 되고 이렇게 되면 빠른 결과를 내기 어려워 질 수 있다”고 지적했다.
또 정치적인 이유로 대기업에 대해서는 의도적으로 감면을 축소해 왔고 중소기업에 대해서는 지나칠 정도로 조세감면을 확대해 왔다고 지적했다.
그는 “신약개발의 경우 대규모 제약회사가 투자에 주도적인 역할을 할 수 밖에 없는 데 현재처럼 중소기업에 대해서는 일방적으로 우대 감면율을 적용하고 대기업의 조세감면을 축소시키는 정책을 지속한다면 결과적으로 다른 분야에 비해 신약개발에 대해 차별적인 대우를 하는 결과가 초래될 수 있다”고 말했다.
우리나라의 R&D관련 세액공제 제도는 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 세액공제액의 합계액이 최저한세액에 미달해 공제받지 못한 부분이 있을 경우 해당 금액을 해당 과세연도의 다음 과세연도의 개시일로부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월해 공제를 받을 수 있도록 하고있다. 즉, 이월공제를 허용하고 있다.
이 부문장은 “앞으로 연구개발 조세감면제도의 효과를 극대화하기 위해서는 설립한지 3년 이내의 중소 벤쳐기업에 대해서는 역소득세를 허용해 결손이 발생하는 경우 환급도 가능하도록 하는 방안을 적극 고려해 볼 필요가 있다”고 제안했다.